Статья

Моделирование молекулярной динамики используется для симуляции различных молекулярных процессов и нашло применение в химии, а особенно в биохимии и биофизике. Одним из главных препятствий при моделировании молекулярной динамики является недостаток вычислительной мощности. Для решения этой проблемы возможно использование параллельных вычислений, однако, чтобы прирост производительности был действительно заметен нужно использовать особые алгоритмы для распределения нагрузки между элементами системы. В данной статье рассматриваются алгоритмы распределения частиц - алгоритм копирования данных и алгоритм распределенных данных с систолическим и гиперсистолическим циклом.